《办法》明确：申报耕地占用税减免的纳税人应在用地申请获得批准后的３０日内，向与批准其占用耕地的土地管理机关同级的征收机关提出减免申报。由国务院或国土资源部批准占用耕地的，由省级征收机关办理减免手续。契税纳税人应在土地、房屋权属转移合同生效的１０日内，向征收机关提出减免申报。计税金额在１亿元（含１亿元）以上的，由省级征收机关办理减免手续。

此外，耕地占用税、契税的减免管理，实行逐级备案制度。占用耕地１０００亩（含１０００亩）以上的减免，征收机关应在办理减免手续完毕之日起３０日内报国家税务总局备案。契税的计税金额在１亿元（含１亿元）以上的减免，征收机关应在办理减免手续完毕之日起３０日内报国家税务总局备案。占用耕地１０００亩以下的耕地占用税的减免和计税金额在１亿元以下的契税减免，其备案办法由省级征收机关制定。

国家税务总局有关人士表示，该项管理办法的实施将大幅简化减免两税所需的审批程序，为申报人节省时间。